Roberto Rusconi si è laureato in Scienze politiche pressso l’Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano, l’11 novembre 1969, con una tesi su appartenenze religiose e comportamento politico in Italia fra 1945 e 1963. Per un anno ha insegnato la religione cattolica nei corsi serali di un Istituto tecnico industriale statale a Varese.
Sin dalla sua fondazione è stato iscritto al Dipartimento di Scienze religiose presso la medesima Università, la cui direzione era stata affidata dal Rettore, Giuseppe Lazzati, al frate cappuccino Raniero Cantalamessa, di cui seguì per un anno il corso di Storia delle orgini cristiane. Allora strinse una forte amicizia con due colleghi, Remo Cacitti e Pierfranco Beatrice, e con Roberto Vignolo, già compagno di liceo e futuro docente di teologia biblica alla Facoltà teologica interregionale dell’Italia settentrionale.
Titolare di una borsa di studio triennale – interrotta dal servizio militare di leva espletato nel ruolo dei Commissari dell’Aeronautica militare – i suoi interessi di studioso si spostarono verso gli ultimi secoli del medioevo e l’età del Rinascimento. Dal 1974 al 1978 ha avuto l’incarico di professore esterno non stabilizzato di Storia medievale nell’Università di Trieste, dapprima presso la Facoltà di Magistero e poi anche presso la Facoltà di Lettere e Filosofia: in quest’ultima tenne i propri corsi in associazione con Giovanni Miccoli e Alessandro Pastore.
A partire al 1978 al 1986 ha insegnato Studi francescani presso la Facoltà di Lettere e Filosofia dell’Università di Perugia (divenendo nel 1980 professore associato). L’incarico comportava la Vice Presidenza della Società internazionale di studi francescani di Assisi e l’organizzazione dei convegni annuali nel mese di ottobre, oltre alla pubblicazione dei loro atti.
Nel 1982 la Regione dell’Umbria gli affidò il coordinamento delle mostre organizzate per il centenario della nascita dell’Assisiate, con un programma in cui operarono fattivamente Enrico Menestò e Attilio Bartoli Langeli (nel 1986 dalla Regione gli fu assegnata anche la progettazione e la organizzazione della mostra dantesca che fu aperta a Francoforte sul Meno nell’ambito dell’anno italiano alla Buchmesse). In quegli anni fu parte attiva nella rifondazione della Società internazionale di studi francescani, della istituzione del Centro di studi francescani dell’Università di Perugia (poi Centro interuniversitario) e nella creazione del Corso residenziale di storia religiosa, che si tiene ad Assisi nell’estate.
Nel 1983 entrava a far parte della redazione della rivista Cristianesimo nella storia, diretta da Giuseppe Alberigo per il Centro di documentazione per le scienze religiose di Via S. Vitale a Bologna (ora Fondazione Giovanni XXIII per le scienze religiose). Cessata nell’anno 2000 la collaborazione con la rivista bolognese, nel 2004 accettava di entrare a far parte del comitato direttivo – coordinata do Giovanni Filoramo e Daniele Menozzi – della rivista Storia del cristianesimo, pubblicata a Brescia dalla casa editrice Morcelliana di Brescia (fino al 2015).
Nell’autunno e nella primavera del 1985-1986 è stato Visiting Scholar presso l’University College di Londra, conducendo ricerche presso il Warburg Institute. Durante il 1986 è stato Stipendiat della Alexander-von-Humboldt-Stiftung presso i Monumenta Germaniae Historica di Monaco di Baviera.
Con il passaggio al ruolo di professore ordinario di Storia del Cristianesimo e delle Chiese era chiamato presso la Facoltà di Lettere e Filosofia dell’Università di Salerno. Con l’anno 1987 iniziava la collaborazione con il Centro internazionale di studi gioachimiti, con sede sulla Sila a S. Giovanni in Fiore. Membro del Comitato scientifico (sino al 2021), organizzatore di alcuni convegni e curatore dei relativi atti, e curatore della collana: Opere di Gioacchino da Fiore: testi e strumenti, presso la casa editrice Viella di Roma (fino al 2019). Fa tuttora parte del comitato internazionale degli editori degli Opera omnia di Gioacchino da Fiore, pubblicati presso i Monumenta Germaniae Historica di Monaco di Baviera e l’Istituto storico italiano per il Medio Evo di Roma. (è stato anche membro del comitato di redazione della rivista Florensia [1991-2005]).
Visiting Member presso la School of Historical Studies dell’Institute for Advanced Study di Princeton (New Jersey, USA) dal settembre 1991 al giugno 1992, a partire dall’anno accademico 1992-1993 ha insegnato Storia del Cristianesimo presso l’Università dell’Aquila. Nell’anno accademico 2002-2003 si trasferiva come professore ordinario di Storia del Cristianesimo presso la Facoltà di Lettere e Filosofia dell’Università Roma Tre. Socio fondatore dell’Associazione Internazionale per lo Studio della Santità, dei Culti e dell’Agiografia, ha fatto parte della direzione della nuova serie della rivista Sanctorum (2004-2012).
Con Sofia Boesch Gajano e Francesco Scorza Barcellona ha diretto la nuova serie della collana “Sacro/santo”, pubblicata dalla casa editrice Viella di Roma (2000-2020). Ha preso parte alla rifondazione dell’Associazione Internazionale per le Ricerche sui Santuari, e in particolare al programma che ha condotto alla pubblicazione di una serie di volumi regionali presso la Casa editrice De Luca di Roma, affidati alla sua cura (dal 2013 al 2017).
Con Fabio Bisogni († 2006) e Michele Bacci nel 2002 dava vita alla rivista Iconographica (edita dalla SISMEL), di cui manteneva la co-direzione sino al 2016. A partire dall’anno 2000 dava avvio al programma di Ricerca sull’Inchiesta della Congregazione dell’Indice, tuttora in corso, coordinando i contributi di numerosi colleghi e di parecchi giovani studiosi a una apposita banca dati online (aperta alla consultazione: https://rici.vatlib.it/) e curando i volumi della serie “Libri e biblioteche degli Ordini religiosi in Italia alla fine del secolo XVI”: pubblicata all’interno collana “Studi e testi” della Biblioteca Apostolica Vaticana. Per attendere a quel programma ha usufruito di un comando triennale presso il Centro interdisciplinare Beniamino Segre dell’Accademia Nazionale dei Lincei (2007-2010).
Con la cessazione dall’insegnamento presso l’Università Roma Tre nel 2012 si è dedicato esclusivamente alla ricerca, alla cura di progetti editoriali e alle pubblicazioni. A partire dal 2015 ha rinunciato a ogni partecipazione a consigli direttivi e comitati scientifici.